O Instituto Palotino Sul-Americano de Estudos Palotinos (ISEP) nasceu de um desejo dos superiores maiores palotinos, femininos e masculinos, de tornar mais conhecido o carisma, espiritualidade e obra palotina no contexto latino-americano. O contexto imediato do bicentenário do nascimento de Vicente Pallotti celebrado em 1995 e, sobretudo, o multiplicar dos estudos sobre o fundador levou os superiores, reunidos no dia 1 de fevereiro de 1992 na casa Anunciação das Irmão de São João Batista, em Cascavel - PR, a pedir a organização de um encontro de formação e vivência. Neste dia, portanto, podemos dizer que foi fundado o ISEP. E, estes dois aspectos - o da formação e o da vivência - foram e continuam sendo as características fundamentais atribuídos ao Instituto desde a sua concepção.

A fundação do ISEP, por outro lado, pode ser entendida como a concretização da Assembleia Geral da Sociedade do Apostolado Católico (SAC) dos padres e irmãos, realizada em 1989; esta pedira, de fato, que as Províncias, Regiões e Delegações levassem adiante um trabalho em conjunto, criando centros de formação palotina. Gestado em janeiro, o Instituto nascia oficialmente em julho do mesmo ano de 1991, no mesmo local em outro encontro dos superiores latino-americanos. O lugar escolhido, devido a sua estrutura e logística, foi uma ala do Colégio Máximo Palotino de Santa Maria. Em outubro de 1992 já foi organizado o primeiro curso. Este, no início, foi pensado para ter duração de um mês; mais tarde, no entanto, o curso foi dividido em três etapas anuais. No início do ano 2000, em uma única etapa, foi organizado um curso especificamente aos jovens. O curso juvenil durou cerca de 10 anos o curso juvenil.